Всю жизнь академик И. А. Каблуков был связан с пчеловодством и лично сам никогда не расставался с пчелами. В подмосковной деревне Витенево, где он жил летом и куда любил приезжать зимой, возле его дома в саду всегда стояла пасека, на которой он отдыхал и работал с пчелами. Было на ней до 20 ульев. На своей пасеке ученый применял рациональные приемы содержания, которым учил и местных пчеловодов. Отсюда брал для анализа мед, воск, прополис. Выполняя пасечные работы, следил за ходом взятка, интересовался количеством выделяемого пчелами воска. Делал сам ульи и вообще умел столярничать, без чего пчеловоду невозможно обойтись. Общение с пчелами, наблюдения за их жизнью давали ему ценный материал, который он использовал в лекциях и беседах. Это сближало ученого с аудиторией, делало его своим среди пчеловодов. Занятие практическим пчеловодством укрепляло здоровье, прибавляло силы и, бесспорно, помогало в научной деятельности, которая требовала громадных затрат энергии. Сохранилась запись, датированная 9 сентября 1899 г.: «Утро в деревне. Хорошо. Осматривал пчел. Вечером писал учебник».
И. А. Каблуков работал над объемной статьей по истории русского пчеловодства, которая, к сожалению, не была завершена. Однако по материалам, хранящимся в архиве Академии наук СССР, видно, что его волновали поворотные события 70—80-х годов прошлого столетия, - когда вокруг Бутлерова началось формирование русских пчеловодов. Кстати, о Бутлерове как общественном деятеле по распространению рационального пчеловодства Каблуков написал большую работу — лучшую из всего, что до сих пор написано о нем. Он первым составил библиографию его пчеловодных работ. И даже тогда, когда Каблуков писал о Бутлереве-химике, он не забывал сказать о нем как о пчеловоде. Иван Алексеевич был учеником Бутлерова, его сподвижником и продолжателем дела, поэтому всегда, во всех своих помыслах и делах, чувствовал большую ответственность перед величием своего учителя, перед русской историей.
Признавая выдающиеся заслуги академика И. А. Каблукова перед пчеловодством, Русское общество акклиматизации животных и растений избрало его действительным членом, Общество любителей естествознания, антропологий и этнографии — непременным членом, Русское общество пчеловодства — почетным членом, Ярославское общество пчеловодства — членом-корреспондентом. Он был членом и многих других обществ России.
Заслуженный деятель науки, почетный член Академии наук СССР, награжденный орденом Ленина и орденом Трудового Красного Знамени, академик Иван Алексеевич Каблуков оставил большое научное наследие не только в химии, но и в пчеловодстве. Его работы о продуктах жизнедеятельности медоносных пчел и огромная просветительская деятельность безусловно способствовали прогрессу отрасли.