Проводя отбор на хорошую зимостойкость, интенсивное весеннее развитие, эффективное использование медосбора, отбираются только семьи, которые в данной конкретной местности обладают высокой жизнеспособностью и приспособленностью, т, е. наиболее устойчивые к заболеваниям. Однако этим проблема заболеваний пчелиных семей не ограничивается. Испытуемые семьи необходимо постоянно контролировать по состоянию их здоровья.
В связи с этим следует выявлять и самым строжайшим образом выбраковывать из испытаний (В некоторых случаях (при известной причине заболевания) более правильным будет лечение заболевших пчел. Но в любом случае все больные пчелиные семьи не оцениваются и в испытаниях не участвуют ) заболевшие семьи. Самый строгий отбор следует проводить сразу же после зимовки (см. оценку по зимостойкости): выбраковываются все сильно ослабевшие семьи с сильной загрязненностью гнезд, также выбраковываются семьи, ослабевшие за весенний период (обычно больные нозематозом). При учетах в поздний весенний и летний периоды необходимо внимательно осматривать семьи на предмет заболевания гнильцом. Выявленные гнильцовые семьи выбраковывают. Не следует забывать о паратипических факторах, которые способствуют тому или иному заболеванию. Так, например, частые осмотры семей в весенний период, когда еще прохладная погода (особенно это свойственно начинающим пчеловодам), часто провоцируют гнильцовые заболевания.
В настоящее время много забот доставляет заболевание пчелиных семей варроатозом. Поэтому, чтобы проводить объективную оценку по основным хозяйственным признакам, необходимо проводить наиболее аффективные ветеринарные и зоотехнические мероприятия с тем, чтобы клещ не поражал семьи более чем на 5—10%. То же самое можно сказать и в отношении профилактических мероприятий против заболевания пчелиных семей нозематозом и гнильцом.